Penyebab langsung - Pertambangan
Pertambangan di Indonesia biasanya meliputi membersihkan hutan atau lahan pertanian untuk menggali lubang yang dalam dan terbuka, yang biasanya seringkali ditinggalkan ketika sudah habis, dan seringkali menimbulkan kerusakan lingkungan hidup yang signifikan. Cadangan mineral Indonesia didistribusikan lintas batas wilayah, dengan pengoperasian pertambangan terpusat di provinsi Papua, Bangka-Belitung, Nusa Tenggara Barat dan Kalimantan Timur. Pada tahun 2011, izin batu bara saja meliputi lebih dari 21 juta hektar di Indonesia, yang setara dengan hampir seluruh wilayah daratan Kerajaan Inggris. Hampir semua operasi pertambangan berlokasi di kawasan konservasi, karena kekayaan bijih mineral yang ditemukan di seluruh kawasan tersebut. Banyak kawasan ini yang dinilai sebagai hutan hujan tropis yang penting dan memiliki nilai lingkungan hidup dan biologis yang signifikan.
Pada tahun 2012, industri pertambangan terhitung meliputi 7 persen PDB Indonesia, dengan nilai sekitar 51 milyar dolar AS. Secara keseluruhan, negara bertanggung jawab atas ekstraksi sekitar 17 persen (41.000 ton) timah dunia pada tahun 2012, 10 persen nikelnya (228.000 ton), dan 2 persen perunggunya (360.000 ton) dan emasnya (59.000 ton), ekspor mineral senilai sekitar 31 milyar dolar AS, yang setara dengan 17 persen total ekspor, hanya sedikit lebih rendah daripada minyak dan gas.
Sementara produksi timah, emas dan perunggu telah jatuh selama lebih dari 10 tahun, produksi nikel tumbuh dengan kuat, dan batu bara tumbuh secara spektakuler. Pada tahun 2001, Indonesia memproduksi hanya 67 juta ton batu bara, namun dengan produksi yang diperkirakan sebanyak 489 juta ton pada tahun 2013, dan ekspor sebanyak 426 juta ton, negara ini sekarang memiliki posisi sebagai produsen batu bara terbesar keempat di dunia (setelah Cina, AS dan India), dan merupakan eksportir tertinggi. Pendapatan pemerintah dari pertambangan juga meningkat selama beberapa tahun ke belakang, mencapai 12,5 biliun rupiah (sekitar 1 milyar dolar AS) pada tahun 2010.
Desentralisasi Indonesia yang melaju cepat dan luas, khususnya mengenai undang-undang Pertambangan Mineral dan Batu Bara tahun 2009, yang mengalihkan wewenang perizinan besar pada administrasi subnasional, menimbulkan proliferasi izin-izin pertambangan, ditambah dengan pengawasan yang buruk dan laju korupsi yang meningkat, berujung pada pertambangan liar yang meluas. Dengan kapasitas pemerintahan lokal yang rendah, koordinasi antar level pemerintah yang buruk, serta mekanisme pengawasan dan akuntabilitas yang lemah, proses-proses perzinsn telah disalahgunakan oleh para pejabat kabupaten untuk kepentingan pribadi, atau untuk mendukung kampanye pemilihan. Izin-izin di banyak kasus telah dikeluarkan kepada lebih dari satu perusahaan untuk mengeksploitasi kawasan-kawasan yang tumpang tindih, atau untuk memprospek dan menambang dalam kawasan yang dilindungi dan dimiliki oleh komunitas, dan izin-izin ilegal dikeluarkan untuk perusahaan-perusahaan yang tidak terdaftar sebagai wajib pajak.
Dengan royalti dan sewa lahan yang terbagi antara pemerintah nasional dan wilayah yang memproduksi, banyak provinsi yang memiliki hutan lebat memperoleh keuntungan besar dari pendapatan pertambangan. Di Papua dan Kalimantan Timur, misalnya, pertambangan terhitung secara berturut-turut memberi 63 persen dan 27 persen dari total Produk Domestik Regional Bruto pada tahun 2010, namun kesenjangan kekayaan yang signifikan, dan kemiskinan yang begitu parah terdapat di wilayah-wilayah ini. Ternyata, kekayaan yang diperoleh dari ekstraksi batu bara dan mineral tidak mencapai semua orang di komunitas, apalagi mereka yang mendapat akibat sangat parah dari aktivitas pertambangan.
Dengan perhitungan resmi yang menduga bahwa hampir separuh pengusaha Indonesia yang memiliki izin pertambangan tidak membayar royalti, perbandingan serupa juga terjadi pada kurangnya jumlah referensi wajib pajak, dan bahwa negara sepertinya menderita kerugian sebanding dengan 1,2 juta milyar dolar AS per tahun dari sektor mineral. Pada tahun 2014 Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menerapkan tindakan keras. Sambil bekerja bersama Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan serta berbagai lembaga lainnya, penyelidikan KPK terfokus pada 12 provinsi dengan jumlah izin pertambangan tertinggi yang bertujuan untuk meninjau ulang legalitas izin-izin tersebut, memeriksa apakah perusahaan tambang memiliki nomor identitas pajak yang valid dan membayar pajak mereka sepenuhnya, dan menyelidiki apakah izin-izin tersebut bertumpang tindih dengan konsesi lain, atau kawasan hutan yang dilindungi.
Dua perubahan signifikan lainnya menuju perbaikan tata kelola dan pengawasan masyarakat sipil terhadap pertambangan di Indonesia muncul pada bulan Oktober 2014. Yang pertama adalah undang-undang baru tentang tata kelola regional (Undang-Undang No. 23 tahun 2014) yang mengembalikan wewenang memberikan izin-izin konsesi baru pada pemerintah provinsi dan pusat. Yang kedua adalah diterimanya negara ini ke dalam suatu Inisiatif Transparansi Industri-Industri Ekstraktif (EITI/Extractive Industries Transparency Initiative) global, suatu skema yang dirancang untuk mendorong tata kelola yang transparan dan akuntabel dalam pengelolaan pendapatan sumber daya minyak, gas dan mineral.
Pada waktunya diharapkan bahwa semua inisiatif tersebut, bersama dengan pengawasan dan penekanan terus-menerus dari kelompok-kelompok masyarakat sipil, akan mengurangi kerusakan dan penghancuran yang disebabkan oleh pertambangan yang dikendalikan dengan buruk terhadap komunitas, hutan dan ekosistem berharga lainnya di Indonesia. Tata kelola yang membaik juga penting untuk menyelesaikan konflik bersama komunitas yang terkena dampak, menghentikan polusi pada lahan pertanian dan membatasi bahaya fisik sederhana yang dihubungkan dengan lubang-lubang pertambangan yang ditinggalkan.
